为实现中心的建设目标，加强科技赋能中国—东盟公共卫生合作，中心将在科技部支持下成立运行，依托单位为北京大学，挂靠北京大学公共卫生学院，在“小机构、大网络”的原则下实行指导单位和管理委员会领导下的主任负责制，设立指导委员会、管理委员会、学术委员会、发展合作委员会和秘书处五个管理机构。

指导委员会由科技部牵头，由科技部、国家卫生健康委、教育部、外交部、国合署、药监局等部委的相关领导组成，指导中心发展方向，搭建沟通平台，联系和协调各方，为中心运行提供政治和资源支持。

管理委员会由中心主任、副主任及各研究分中心主任等组成，由北京大学遴选任命，负责审议和通过中心的章程、制度和标准，审议中心发展规划和年度工作报告，对重大事务做出决策。中心设立主任和常务副主任各1名，副主任2-3名。北京大学分管校领导作为主要负责单位领导将担任中心主任，公共卫生学院院长作为具体执行单位领导将担任中心常务副主任，副主任人选将由北京大学相关执行和职能部门、公共卫生学院全球卫生学系负责人担任。其中，主任主持中心的全面工作；常务副主任负责中心的日常工作；副主任分别负责中心的科技合作、人才培养合作和发展筹资等事务。

学术委员会由中国、东盟国家以及国际上其他具有卓越声誉的公共卫生专家组成，由管理委员会邀请任命，负责规划中心的学术发展，审议中心的年度学术工作、代表性研究和合作成果，指导制定中心的科研工作规划、项目方案、技术标准等，为中心提供专业的技术咨询服务。

发展合作委员会由加入中心的中国和东盟合作单位的代表组成，负责合作伙伴关系发展，主席由北京大学担任，负责中心的合作伙伴发展及筹资。

秘书处设在北京大学公共卫生学院全球卫生学系，协调、执行和落实中心相关项目及活动，向管理委员会汇报中心的运行情况，及时反映存在的问题和诉求，并听从管理委员会的统一调度和安排。